Nasce a Bagheria (PA), nella splendida Sicilia, il 27 maggio 1956.
Da sempre attratto dal mondo dello spettacolo e in particolare dal teatro, all'età di sedici anni cura la messa in scena a teatro di opere di Pirandello e De Filippo.
Nel 1979 dirige i primi documentari e collabora con la RAI per i programmi: Ritratto di un rapinatore, Incontro con Francesco Rosi, Scrittori siciliani e cinema: Verga, Pirandello, Brancati e Sciascia".
Nel 1984 collabora con Giuseppe Ferrara a Cento giorni a Palermo (è presidente della cooperativa che lo produce, co-sceneggiatore e regista della seconda unità).
Nel 1986 il suo esordio vero e proprio nella regia del film Il camorrista, dal libro di Giuseppe Marrazzo, ricostruzione della biografia romanzata di un boss della mafia siciliana, liberamente ispirata alla vita di Cutolo. Il film si aggiudica il Nastro d'Argento per la categoria regista esordiente.
Nel 1987 realizza Nuovo cinema paradiso, produzione che Franco Cristalli porta al successo proprio per la sua fede nella qualità dell'opera. Dopo uscite sfortunate e tagli, il film vince il Gran Premio Speciale della Giuria a Cannes, e l'Oscar, diventando il film estero più visto sul mercato americano degli ultimi anni.
Del 1990 è Stanno tutti bene, in concorso a Cannes, viaggio di un padre siciliano alla volta dei suoi figli sparsi per la penisola, che vince il Nastro d'Argento per il soggetto.
Nel 1994 gira Una pura formalità (Ciak d'Oro per il montaggio), in concorso a Cannes, che ha per protagonisti Roman Polansky e Gérard Depardieu.
Il 1995 è l'anno de L'uomo delle stelle in cui Sergio Castellitto interpreta un ... ladro di sogni. Il film vince il David di Donatello per la regia ed il Nastro d'Argento per la stessa categoria.
Tre anni dopo (1998) gira La leggenda del pianista sull'oceano che vede come protagonista Tim Roth e come creatore delle musiche Ennio Morricone. Anche questo film fa incetta di premi vincendo il Ciak d'Oro per la regia, il David di Donatello per la regia e due Nastri d'Argento uno per la regia ed uno per la sceneggiatura.
L'ultimo film girato dal regista è Maléna (2000) che ha per protagonista la bellissima Monica Bellucci.
Nel 2000 ha anche prodotto un flm del regista Roberto Andò dal titolo Il manoscritto del principe.